Die von 1994 bis 1998 produzierte Ducati 916 weist eine meisterhafte Karosserieform auf, und die 2003 auf den Markt gebrachte 999 weicht deutlich vom bisherigen Fußabdruck ab. Der 999 ist aerodynamischer als sein Vorgänger, aber das Design wurde von Grund auf neu entwickelt und ähnelte nicht dem vielgeliebten 916. Allein die Ästhetik spricht für die Ablehnung, die dieses neue Modell erfahren hat.
In Bezug auf die Leistung entschieden sich die 999-Modelle für einen Hochgeschwindigkeits-V-Twin-Motor, der eine Höchstgeschwindigkeit von 168 Meilen pro Stunde erreichte und nur 438 Pfund wog. Die 999S-Variante verwendete einen neu gebauten Motor namens Testasetretta mit einem Hubraum von 998 ccm und einer Leistung von 136 PS sowie einem Sechsganggetriebe. Das Nenndrehmoment für den 999 (speziell in einem Modell von 2005) betrug 106 Nm und wurde mit dem Rennkit auf 111,8 Nm gesteigert.
Diese Motorräder verfügen über einen schmaleren Motor als die Vorgängermodelle, was bedeutet, dass das Fahrrad schlank und vom Design her minimal profiliert ist. Tom Cruise besitzt sogar einen (einen 999R), was dem Modell zu einiger Bekanntheit verholfen hat. Das 999 Performance Redesign verbesserte sich gegenüber einer legendären Ducati, aber der 916 überschattete diesen Neuzugang in der Produktpalette weiterhin.